ผลิตภัณฑ์ปุ๋ยชีวภาพจะต้องปราศจากจุลินทรีย์ปนเปื้อนและต้องมีสายพันธุ์ที่มีประสิทธิภาพดีในประชากรที่เหมาะสม ใช้ปุ๋ยชีวภาพในส่วนผสมที่เหมาะสมและก่อนวันหมดอายุ ใช้เทคนิคการใช้ที่แนะนำและทาให้ถูกเวลาตามคำแนะนำบนฉลาก เพื่อผลลัพธ์ที่ดีที่สุด ให้ใช้กาวที่เหมาะสมในการแปรรูปเมล็ดพืช ใช้เทคนิคการแก้ไขสำหรับดินที่จัดยาก เช่น การอัดเมล็ดด้วยยิปซั่มหรือปูนขาว หรือการปรับ pH ของดินโดยใช้ปูนขาว ตรวจสอบให้แน่ใจว่ามีฟอสฟอรัสและสารอาหารอื่นๆ อยู่ ต้องเก็บแพ็คเก็ตปุ๋ยชีวภาพไว้ในที่แห้งและเย็น ห่างจากความร้อนและแสงแดด ต้องใช้ปุ๋ยชีวภาพผสมกันอย่างเหมาะสม ควรใช้ไรโซเบียมกับพืชที่กำหนดเท่านั้นเนื่องจากเป็นพืชเฉพาะ ปุ๋ยหมักชีวภาพ ไม่ควรใช้ร่วมกับสารเคมีอื่นๆ ควรตรวจสอบให้แน่ใจว่าทุกแพ็คเก็ตมีข้อมูลที่เหมาะสมก่อนตัดสินใจซื้อ เช่น ชื่อผลิตภัณฑ์ พืชผลที่มีไว้สำหรับ ชื่อและที่อยู่ของผู้ผลิต วันที่ผลิต วันหมดอายุ หมายเลขชุด และ คำแนะนำการใช้งาน ต้องใช้บรรจุภัณฑ์ก่อนหมดอายุ เฉพาะพืชผลที่กำหนด และใช้เทคนิคการใช้งานที่แนะนำ เนื่องจากเป็นผลิตภัณฑ์ที่มีชีวิต จึงต้องจัดเก็บปุ๋ยชีวภาพอย่างระมัดระวัง เพื่อให้ได้ผลลัพธ์ที่ดีที่สุด ให้ใช้ปุ๋ยชีวภาพทั้งแบบฟอสเฟตและไนโตรเจน ควรใช้ปุ๋ยชีวภาพควบคู่กับปุ๋ยเคมีและปุ๋ยอินทรีย์ แม้ว่าจะไม่สามารถทดแทนปุ๋ยได้ แต่ปุ๋ยชีวภาพสามารถช่วยให้พืชได้รับสารอาหารเพิ่มเติมที่ต้องการได้