การแยกไวรัสให้การวินิจฉัยที่ชัดเจนที่สุด แต่ต้องใช้เวลา 1-2 สัปดาห์จึงจะเสร็จสิ้น และต้องดำเนินการในห้องปฏิบัติการความปลอดภัยทางชีวภาพระดับ III เทคนิคนี้เกี่ยวข้องกับการเปิดเผยเซลล์ เฉพาะ ให้กับตัวอย่างจากเลือดครบส่วนและระบุการตอบสนองเฉพาะของไวรัสชิคุนกุนยา RT-PCRโดยใช้ คู่ ไพรเมอร์ที่ซ้อนกันใช้เพื่อขยายยีนที่จำเพาะต่อชิคุนกุนยาหลายตัวจากเลือดครบส่วน สร้างสำเนาของยีนหลายพันถึงล้านชุดเพื่อระบุยีนเหล่านั้น นอกจากนี้ยังสามารถใช้ RT-PCR เพื่อวัดปริมาณไวรัส ได้อีกด้วยในเลือด เมื่อใช้ RT-PCR จะสามารถทราบผลการวินิจฉัยได้ภายในหนึ่งถึงสองวัน การวินิจฉัยทางเซรุ่มวิทยาต้องใช้เลือดในปริมาณที่มากกว่าวิธีอื่นๆ และใช้ การทดสอบด้วยวิธี ELISAเพื่อวัด ระดับ IgM ที่จำเพาะต่อ ชิคุนกุนยา ในซีรั่มในเลือด ข้อดีอย่างหนึ่งของการวินิจฉัยทางเซรุ่มวิทยาคือสามารถตรวจพบ IgM ในซีรั่มได้ตั้งแต่ 5 วันถึงหลายเดือนหลังจากเริ่มแสดงอาการ แต่ข้อเสียคือผลตรวจอาจต้องใช้เวลา 2-3 วัน และผลบวกลวงอาจเกิดขึ้นกับการติดเชื้อเนื่องจากไวรัสอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องเช่นไวรัส o"nyong"nyongและไวรัส Semliki Forest ในปัจจุบัน ยังไม่มีวิธีเฉพาะเจาะจงในการทดสอบอาการและอาการแสดงเรื้อรังที่เกี่ยวข้องกับไข้ชิคุนกุนยา แม้ว่าผลการตรวจทางห้องปฏิบัติการที่ไม่เฉพาะเจาะจง เช่นโปรตีน Cและไซโตไคน์ ที่เพิ่มขึ้น สามารถสัมพันธ์กับการเกิดโรคได้