หน้าที่คลาสสิกและเป็นที่รู้จักมากที่สุดของแมสต์เซลล์เกี่ยวข้องกับการอักเสบ แมสต์เซลล์ทำหน้าที่เป็นส่วนหนึ่งของระบบภูมิคุ้มกันโดยกำเนิดของร่างกาย เมื่อ IgE ที่จับกับเมมเบรนจับกับสารแปลกปลอมและตัวรับ Fc สองตัวเชื่อมขวาง แมสต์เซลล์จะปล่อยตัวกลางจำนวนมากออกไปยังพื้นที่ภายนอก เซลล์ ที่อยู่ใกล้เคียงโดยทันทีผ่านการสลายตัว แกรนูลมีอยู่ภายในเยื่อหุ้มไขมันซึ่งหลอมรวมกับพลาสมาเมมเบรน ไซโตไคน์ที่สำคัญที่สุดที่ปล่อยออกมาคือฮีสตามีน ฮีสตามีนกระตุ้น chemotaxis ของเม็ดเลือดขาว กล้ามเนื้อเรียบทางเดินหายใจตีบ และเพิ่มการซึมผ่านของหลอดเลือด ตัวกลางอื่นๆ ที่ปล่อยออกมาจากแกรนูล ได้แก่ ทริปเทส ไคเมส และ TNF-อัลฟา